Ахтопол има богато историческо наследство, датиращо още от 02 век от н.е. За първи път за града се споменава с името Авлеутейхос, макар и да е съществувало като поселище по-рано. Интересна е легендата за създаване на града, която е свързана с йерарха в гръцкия пантеон - бог Зевс. Един от синовете му Аполон - се влюбил в красива простосмъртна жена. От нея му се родили три прелестни дъщери - Агато, Сиза и Виза. Узнал за тях, Зевс ги изгонил от Олимп към далечния Евскинтски понт. Там дъщерите основали свои градове: съответно Агато - Агатополис - Ахтопол. Наричали са го още" града на любовта". Агатополис е бил град държава по онова време с развита търговия по море. Опожаряван е четири пъти, което е оставило своя отпечатък във времето и до днес. В музея могат да се видят доста редки археологически находки, града одавна е цел за археолозите , които търсят доказателства за неразгаданите тайни около гръцките колонии. Тук има намерени монети от емисии сечени в Мексико, Бразилия, Аржентина и, естествено всички европейски държави. Града на любовта е и предпочитано място за влюбените двойки, които прекарват медения си месец тук. Легендата сякаш е жива и до днес, като витае над безлюдните плажове.